Sofort nach seiner Rückkehr aus den USA in die väterliche Praxis wurde Rainer Schöttl auch in die Lehrtätigkeit des Instituts für Temporo-Mandibuläre Regulation (ITMR) eingebunden. Das Institut war ursprünglich vom Vater 1970 zur Verbreitung der Aufwachslehre nach Prof. Harry Lundeen gegründet worden. Ein bekannter Mitarbeiter im Institut war auch ZTM Heinz Polz gewesen, der sich jedoch inzwischen selbstständig gemacht hatte. Unter der Regie von Rainer Schöttl erfolgte in den Jahren darauf eine Neuausrichtung des Instituts mit einem komplett neuen Lehrplan, der bis heute kontinuierlich weiterentwickelt wurde, zu Themen wie neuromuskuläre Funktionsdiagnostik, Myozentrik, Sensomotorische Okklusion und Physio-Logische Artikulation. Der Tradition folgend, war das ITMR wieder der erste Ort, an dem ausländische Referenten neue Themen nach Deutschland brachten, z. B. in der Person von Robert Jankelson, dem Sohn des Urhebers der Myozentrik.
In den späten 80ern beschäftigte sich Rainer Schöttl mit dem Aqualizer® und den Lehren seines Urhebers, Prof. Lermann. Jankelson sen. und Lerman sen. hatten sich in den USA Jahre zuvor zerstritten, jedoch kombinierte Rainer Schöttl beide Lehren frühzeitig zu einem erfolgreichen Konzept, das er nach dem Mauerfall vor allem auch Kollegen im Osten vermittelte, die noch nicht die Finanzkraft besaßen, um die teuren Vermessungsgeräte, die Jankelsons Firma Myotronics vertrieb, zu erwerben.
Schritt für Schritt erfolgte die völlige Abkehr von der gnathologischen Scharnierachsenthese. Rainer Schöttl entwickelte eine eigene Systematik der Modellübertragung in Artikulatoren nach tatsächlichen Funktionsebenen mit dem HIP-Mount®, der 1999 zum Patent anmeldet wurde (2001 erteilt). Dem folgten Patente für das HeadLines, einem Gerät zur Vermessung der kranialen Funktionsebenen, sowie die Entwicklung weiterer Hilfsmittel, bis die Firma Baumann Dental vor einigen Jahren damit begann, nach seinen Plänen einen neuen Physio-Logic-Artikulator herzustellen, der diese Erkenntnisse auch für zahntechnische Labors umsetzt. In Kooperation mit der Firma Pierenkemper entwickelte Rainer Schöttl in den späten 90er Jahren zwei TENS-Geräte für die Entspannung der Kaumuskulatur. Mehrere Neuentwicklungen wurde nie zum Patent angemeldet, darunter die Photometrie, die mit einfachen Mitteln die aussagekräftige Vermessung und Dokumentation der Kiefer-, Kopf- und Körperhaltung ermöglicht. Die jüngsten Patente erhielt Rainer Schöttl für den FreeBite®, einem extra für die CMD-Therapie entwickelten Beißkissen.
Beim ITMR Symposium 1990 erfolgte die Gründung der deutschen Sektion des International College of Cranio-Mandibular Orthopedics (ICCMO) als eigenständiger Verein nach deutschem Recht, der wenige Jahre später auch im Vereinsregister eingetragen und als gemeinnützig anerkannt wurde. Seither dient Rainer Schöttl dem Verein ehrenamtlich als Präsident und wurde für die Jahre 2013–2015 von allen Sektionen des ICCMO auch zum internationalen Präsidenten gewählt.
Rainer Schöttl publizierte ungezählte Fachartikel, ist Autor des erfolgreichen CMD-Handbuchs „CMD: Kein Schicksal!“, sowie Ko-Autor des ICCMO Kompendiums, diverser ICCMO-Briefe, sowie des Büchleins „Der etwas andere Kopf- und Gesichtsschmerz“. Er ist Herausgeber und Hauptautor des MYOBYTE Magazins und war die treibende Kraft hinter der Neuausgabe des letzten Buchs des Vaters „Die cranio-mandibuläre Regulation“.